В 1972 г. В Средниазиатском педиатрическом медицинском институте были основаны 1 и 2 кафедры инфекционных болезней. Заведующей 1 кафедрой инфекционных болезней была назначена Эгамбердиева Жамила Игамбердиевна (1972-1984 гг.), также вместе с ней работали на кафедре доценты В.Ф.Кодиров, А.С.Харатова, С.У.Мухамедбабаева, Л.У.Махмудова, В.С.Абагянц, Р.А.Моргунова.
С 1972 по 1976 годы кафедра шефствовала над Наманганской областью. С 1977 года шефская работа осуществляется в Кашкадарьинской области (Шахризабский, Китабский, Мубарекский, Талимаржанский, Кокдалинский, Усман Юсуповский, Касанский районы и г.Шахрисабз). В подшефных районах ведется большая лечебно-консультативная, санитарно-просветительская работа, а также организационно-методическая работа с кадрами. С каждым годом усовершенствуется учебно-методическая работа. В 1972 году на кафедре разработаны методические указания к лекциям и практическим занятиям, которые в 1975, в 1978 и 1983-84 годах были переработаны согласно новой учебной программе.
С 1985 года заведующей кафедры была назначена доцент Исламбекова Ирина Агзамова (1985-1988 гг.). Также вместе с ней работали Моргунова Р.А., Мухамедбабаева С.У., Усманов С.М., Харатова А.С., Даминова С.А., Артикова В.Т., Даминова Д.Х., Ибрагимова Х.Н., Даминова М.Н., Сагирова Р.М., Фазылова З.Р., Закирходжаева Г.Я., Мударисова Р.Х., Мухсимов А.Х., Махкамова Ш., Умаров И.М., Умаров Т.У., Умарова С.У., Аскарова И.А., Слободская Н.Ф., Кадирова О.С., Юсупов Г.К.
Заведующим второй кафедрой инфекционных болезней стал Махмудов Орхон Сирожиддинович (1972-1984 гг.), с 1984 г. по 1990 гг. заведующим был Амбарцумов С.М., 1990-1995 гг. Мухаммедов Д.Б., 1995-1997 гг. доц. Мухитдинов И.М. За эти годы на кафедре проработали профессора Кадиров Б.А., Логинова Н.С., доценты Даминова М.З., Малина Э.С., Кадырова О.С., Ахмедов М.Н., Максудова С.С., Закирходжаев А.Х., Мирисмаилов М.М., ассистенты Иноятова Ф.И., Абагянц В.С., Юсупова Д.Х., Тулаганов А.Р., Медведева О.Г., Ахмедова З.Х., Куртиева Ш.А., Абдуллаева О.И., Слободская Н.Ф., Михайлов М.Д., Мусаева Д.Х., Назарова Н.В., Рихсиева Г.М., АртиковаГ.Ш., Шоджалилова М.С., Алиева Г.Р., Хашимов К.Б., Осипова Е.М., Кодирова Р.Б., Юсупов Г.К.
С 1989 года доц. Закирходжаев А.Х. переведен на должность профессора кафедры. С 1997 года I и II кафедры детской инфекции были объединены, а зав. кафедрой стал проф. Закирходжаев А.Х. В 1997 году к кафедре присоединилась кафедра инфекционных болезней с эпидемиологие й и кафедра стала называться “Кафедра инфекционных болезней с эпидемиологией”. А в 1998 году кафедра детских инфекционных болезней отделилась и стала преподавать студентам 6 и 7 курсов ТашПМИ.
С 1990 года до настоящего времени сотрудниками кафедры написано и сдано в печать 60 учебно-методических пособий на узбекском и русском языках. Написана монография по полиомиелиту (1995 г.). Под руководством зав. кафедрой проф. Закирходжаева А.Х. были защищены 2 докторская и 7 кандидатских диссертаций. В настоящее время под руководством А.Х.Закирходжаева завершаются 2 докторские и 4 кандидатские диссертации. Под редакцией проф. Закирходжаева А.Х. изданы 4 тома руководства по инфекционным болезням на русском, узбекском и латинском языках. Издан учебник «Детские инфекционные болезни» на русском, узбекском и латинском языках. Монография по вирусным гепатитам на узбекском и русском языках.
С сентября 2010 года заведующем кафедры был назначен профессор Таджиев Б.М.
