Ташкентский педиатрический медицинский институт кафедра Аллергологии, клинической иммунологии и микробиологии была создана в 30 июня 2018 года. Заведующим кафедрой был назначен профессор Юлдашев Ильхом Рузиевич.

Кафедра организована по курсам клинической аллергологии и микробиологии, вирусологии и иммунологии. Кафедра клинической аллергологии в 1992 возглавлена Хакбердиевым М.М. С 1993 года Юлдошев И.Р.. В ходе обучения студенты 6-го курса обучались предмету «Клинической аллергологии». Кафедра микробиологии, вирусологии и иммунологии была основана в 1972 году. Заведующим кафедрой был назначен профессор Н.З.Зокиров.

С 1997 года заведующим кафедрой являлась профессор Мирзаева М.А. С 2010 года кафедра присоединилась к кафедре «Медицинской биологии и генетики» и с 2012 года входит в состав Департамента « Детских Инфекционных болезней» и работает в качестве курса микробиологии, вирусологии и иммунологии. На кафедре учатся студенты 2-го курса педиатрических, медико-педагогических и терапевтических факультетов по бакалавриату, а также  студенты 1-го курса факультета высшее медсестринское дело «Микробиология, вирусология и иммунология».