В ТашПМИ по решению Кабинета Министров прием в магистратуру начался с 2000/2001 учебного года. В 2000 году прием в магистратуру велся по 3 специальностям, а сейчас в магистратуре 35 специальностей. В разные годы начальником отдела магистратуры являлись ряд квалифицированных сотрудников, в том числе: Файзиев Х.Н., Насиров А.А., Агзамов А.М., Хаитов К.Н., Валиев А.Р., Рахматуллаев А.А., в настоящее время руководителем отдела является д.м.н., доцент Ш.С.Абдуллаев. Кроме того, в отделе работают методисты Абдураззакова З.К., Сангилов У.Б., Собиров Ж.А. За прошедшие годы успешно завершили обучение и работают по различным направлениям 2308 магистров.