В Ташкентском педиатрическом медицинском институте отдел аспирантуры и клинической ординатуры был организован в 1972 году. В первые годы заведовала отделом Костюченко Тамара Азизовна, которая вложила свой вклад в деятельность отдела клинической ординатуры с 1972 по 2008 года. В 2008 — 2009 гг. отделом руководила к.м.н. Ахмедова Нилуфар Расуловна. С 2009-2021 года возглавляла профессор Ашурова Дильфуза Тошпулатовна. С 2021 года по настоящее время отдел возглавляет Рахматуллаев Адхам Абадбекович.