Целями и задачами отдела являются изучение и анализ качества и эффективности образовательного процесса, осуществляемого в институте, соответствия знаний студентов государственным образовательным стандартам, а также контроль качества подготовки кадров, обеспечение внутреннего контроля качества посредством самооценки, по результатам которой осуществляется подготовка института к внешней национальной и международной аккредитации.

Для достижения этих целей и задач институт должен изучить и проанализировать процессы учебной, научной, инновационной, международной, учебно-духовной, лечебной работы в деятельности своих факультетов, кафедр, добиться высоких позиций в Национальной и международной рейтинговой системе, направив работу в положительное русло. Деятельность отдела контроля качества образования началась в 2018 году. Начальником отдела в период с 2018 по 2022 год была DSc, доцент Убайдуллаева Севара Абдуллаевна. По итогам 2018-2022 г.г. отдел получил номинацию «Самый образцовый отдел контроля качества образования», присвоенной Государственной инспекцией контроля качества образования Республики Узбекистан за эффективную деятельность.

На сегодняшний день главные специалисты работающие в отделе:

— Бобоев Маъруф Шомуратович

— Ўсаров Анвар Мавлонович

— Исаев Илшод Султанович.

Главные специалисты, работающие с 2018 года по сегодняшний день: Абдуллаев Шерзод Саъдуллаевич, Гулямов Саидаъло Саидкамалович, Омонова Умида Тулкиновна, Маматова Нодира Мухтаровна.

С 2022 года отдел контроля качества возглавляет доктор медицинских наук, доцент Саттаров Жамолиддин Бахронович.