Magistratura aniq mutaxassislik buyicha bakalavriat negizida o’qitish kamida ikki yil davom etadigan oliy ta’limning ikkinchi bosqichidir.  Magistratura aniq mutaxassisliklar bo’yicha malakali, ilmiy-pedagogik kadrlar  yetishtiradi. ToshPTIda Vazirlar mahkamasining qarori asosida 2000/2001 o’quv yilidan boshlab magistraturaga qabul boshlangan. 2000 yili magistraturaga 3ta mutaxassislik bo’yicha qabul o’tkazilgan bo’lsa, hozirgi kunda magistraturada jami 35ta mutaxassislik mavjud. Magistratura bo’limi boshlig’i lavozimida turli yillarda bir qator malakali xodimlar faoliyat yuritishgan, jumladan: Fayziyev X.N., Nasirov A.A., Agzamov A.M., Haitov Q.N., Valiyev A.R., Raxmatullayev A.A., hozirgi kunda bo’lim boshlig’i lavozimida t.f.d., dotsent SH.S.Abdullayev faoliyat yuritmoqda. Bundan tashqari bo’limda Abdurazzakova Z.K., Sangilov U.B., lar uslubchi mutaxassis sifatida ishlab kelishmoqda. O’tgan yillar davomida jami 2308 nafar magistrlar o’qishni muvaffaqiyatli tamomlab, turli sohalarda faoliyat yuritib kelishmoqda.